key: cord-0857097-8iaj5ike
authors: Buenestado-Serrano, Sergio; Recio, Raúl; Campoy, Pedro J. Sola; Catalán, Pilar; Dolores Folgueira, M; Villa, Jennifer; Gallego, Irene Muñoz; de la Cueva, Víctor Manuel; Angeles Meléndez, M; Zayas, Cristina Andrés; Losa-García, Juan E.; José Goyanes, M; Torres, Arturo Fraile; Wermitz, Andres Von; Fradejas-Villajos, Isabel; Arco, Carmen del; Campelo-Gutiérrez, Carolina; Bodi, Sara González; López-Wolf, Daniel; Iglesias-Franco, Higinio; Pérez-Lago, Laura; Arnaez, Araceli Arce; Baena, Elena Rodriguez; Gavin, María Ordobas; Muñoz, Patricia; Delgado, Rafael; Cardeñoso, Laura; Viedma, Esther; de Viedma, Darío García
title: Primera confirmación de importación y transmisión en España de la variante B.1.1.7 del SARS-CoV-2 recientemente identificada
date: 2021-02-19
journal: Enferm Infecc Microbiol Clin
DOI: 10.1016/j.eimc.2021.02.006
sha: 670356bd2877600d254e3360c1efa9de3a19b74f
doc_id: 857097
cord_uid: 8iaj5ike

Introduction: A newly identified SARS-CoV-2 variant, VOC202012/01 originating lineage B.1.1.7, recently emerged in the United Kingdom. The rapid spread in the UK of this new variant has caused other countries to be vigilant. Material and Methods: We based our initial screening of B.1.1.7 on the dropout of the S gene signal in the TaqPath assay, caused by the 69/70 deletion. Subsequently, we confirmed the B.1.1.7 candidates by whole genome sequencing. Results: We describe the first three imported cases of this variant from London to Madrid, subsequent post-arrival household transmission to three relatives, and the two first cases without epidemiological links to UK. One case required hospitalization. In all cases, drop-out of gene S was correcly associated to the B.1.1.7 variant, as all the corresponding sequences carried the 17 lineage-marker mutations. Conclusion: The first identifications of the SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant in Spain indicate the role of independent introductions from the UK coexisting with post-arrival transmission in the community, since the early steps of this new variant in our country. Introducción: Recientemente, ha surgido en Reino Unido una nueva variante de SARS-CoV-2, VOC202012/01, que origina el linaje B.1.1.7. Su rápida distribución en R.U. ha alertado a otros paises a vigilar su presencia. Material y Métodos: El rastreo inicial de la variante B.1.1.7 se basó en la ausencia de amplificación del gen S en el el ensayo TaqPath, causado por la deleción 69/70. Todos los casos candidatos de corresponder a la variante B.1.1.7 con este criterio fueron posteriormente confrimados por secuenciación de genoma completo. Resultados: Describimos los primeros tres casos importados de esta variante, desde Londres a Madrid, con la posterior transmisión domiciliaria de uno de estos casos a tres faniliares y, adicionalmente, los dos primeros casos con la variante sin vínculo epidemiológico con R.U. Uno de los casos requirió hospitalización. En todos los casos el criterio de no amplificación del gen S identificó con precisión a la variante B.1.1.7, como demostró posteriormente la presencia de las 17 mutaciones marcadoras de este linaje. Conclusión: Las primeras identificaciones de la variante B.1.1.7 de SARS-CoV-2 indican un papel solapante de las introducciones independientes desde R.U., con eventos de transmisión comunitaria, incluso desde los primeros momentos de presencia de esta variante en nuestro país.

to the emergency department on December 27, , 2020 after close contact with her 135 mother-in-law and partner, who were SARS-CoV-2 positive. The patient presented 136 asthenia, non-productive cough, and diarrhoea, and positive SARS-CoV-2 RT-PCR.

Comparative analysis of strains 138 We compared the sequences obtained from the cases identified in Spain; SeqCOVID -Consorcio para la epidemiología genómica de SARS-CoV-2 en España) 165 and by Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) (PTI Salud Global). 166 We are grateful to Dainora Jaloveckas (cienciatraducida.com) for editing and 167 proofreading assistance.

CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: Insights from linking epidemiological and 172 genetic data

Preliminary genomic 174 characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel 175 set of spike mutations

Recurrent emergence 177 and transmission of a SARS-CoV-2 Spike deletion H69/V70

Investigation of 179 novel SARS-COV-2 variant Variant of Concern 202012/01

Risk related to spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the 184 EU/EEA

Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein 186 mutations observed in the United Kingdom THREAT ASSESSMENT BRIEF

Figure 1. Comparison of the sequences obtained from the cases identified in Spain; 191 among them and against two UK original B.1.1.7 consensus references 192 (GISAID: EPI_ISL_601443 and 581117